1686-1988 Militærperioden

I perioden ble militæret enerådende i Erkebispegården og anlegget redusert til et arsenal. Mot slutten av perioden avtok den militære bruken.

Kong Christian 5 besluttet i 1686 at stiftsamtmannen skulle flytte ut slik at "Magazinhus kan vorde indrettet." Kongsgården ble fra 1686 bare et militært beredskapslager og oftest ble den omtalt som Arsenal eller Tøyhus. I 1680-årene ble den gamle hallbygningen i nord bygget om og fikk nå fire lave lageretasjer over hvelvene. Etter kort tid måtte bygningen forsterkes med seks større støttepillarer på utsiden. Hvelvrommene i bygningene på begge sider av porten ble benyttet til oppbevaring og krutt var kanskje det mest risikable de lagret der. Også i vest ble bygningene bygget om til magasiner og lavetthuset fikk påbygget en etasje.

Bybrannen i 1708 nådde også Kongsgården som ble sterkt skadet ved at det meste av tre brant, men til alt hell forhindret man at kruttmagasinene eksploderte. Etter brannen ble alle bygningene raskt satt i stand. l 1753 ble Feltartilleribygningen, en helt ny steinbygning, reist i det sydvestre hjørne av borggården. Da de store tremagasinene ble bygget omkring 1800, ble gårdsrommet lukket også mot syd og øst slik anlegget fremsto inntil brannen i 1983. I 1820 ble Erkebispesalen bygd om til våpensal.

Hvelvrommene i hallbygningen fra 1400-tallet, vekthuset, ble benyttet som hvelv for kongens kasse på 1700-tallet, en tradisjon som kanskje er enda eldre. l 1816 ble hovedavdelingen til Norges Bank lagt til Trondheim og hvelvene tatt i bruk til dette formål frem til 1830.
Etter at festningsverkene i byen ble nedlagt i 1816 fikk dette konsekvenser også for Kongsgården og den gradvise nedtrappingen av de militære behov begynte. Etter kroningen av kong Karl Johan i 1818 fikk riksregaliene en tid plass i Kongsgården. Erkebiskopens soverom hvor de ble plassert, kalles fremdeles regalierommet. Den gamle hallbygningen i nord ble bygget om i denne forbindelse med ny inngang i øst og en våpensal som forrom til regalierommet lengre vest.